Pada masa pandemi ini semua kegiatan di lakukan secara online, dari pembelajaran sampai ekstrakurikuler pun online. Hal itu di lakukan karena untuk mengendalikan penyebaran virus mematikan yang sudah membunuh banyak orang di berbagai negara. Covid-19 atau Virus Corona yang menyebar tak terkendali memaksa semua warga melakukan kegiatan kerja mauapun sekolah di rumah secara online. Namun tidak semua bisa dilaksanakan di rumah sebagian tenaga pendidik guru maupun karyawan sekolah pun bergantian kerja di rumah dan sebagian bekerja di sekolah secara bergantian.
Guru dan karyawan yang masuk di sekolah selalu mentaati protokol kesehatan seperti chek suhu sebelum masuk lingkungan sekolah, memakai masker, mencuci tangan, tidak berkerumun, dan tidak berjabat tangan
Guru dan Karyawan SMP Negeri 6 Malang juga telah mendapatkan Vaksin Covid-19 yang diberikan 2 kali dengan jeda 2 minggu pemberian vaksin juga dibagi 2 karena menghindari kerumunan. Pemberian Vaksin bertempat di RSIA Puri. Walau sudah di vaksin semua warga sekolah tetap menjalankan protokol kesehatan. Gerakan ini untuk mendukung program pemerintah Menuju Indonesia Kuat dan Sehat
